Macroscopia-Depois de realizadas as observações do material enviado, checada a procedência e conferidos os nomes no frasco e na requisição, são efetuados cortes das áreas de interesse. Os fragmentos são colocados em caçambas plásticas rotuladas com o mesmo numero do frasco.

Fixação é o tratamento da peça histológica a fim de que possamos observar ao microscópio os componentes teciduais, com a morfologia e a composição química semelhantes às existentes no ser vivo.
A fixação pode ser feita por processos físicos ou químicos. A fixação química, mais usada em Histologia, é feita por fixadores que podem ser simples ou compostos. Como exemplo de fixador simples tem o formol e, de composto, citamos o líquido de Bouin (uma mistura de formol, ácido pícrico e ácido acético).

 Desidratação - visa retirar a água dos tecidos, a fim de permitir a impregnação da peça com parafina. Para isto, a peça é submetida a banhos sucessivos em álcoois de teor crescente (ex.: álcool a 70%, 80%, 90% e 100%).Diafanização - visa impregnar a peça com um solvente de parafina. O mais usado é o xilol.

Impregnação pela parafina fundida - tem a finalidade de permitir a obtenção de cortes suficientemente finos para serem observados ao microscópio. Para isso os tecidos devem ser submetidos a banhos de parafina a 60°C, no interior do processador de tecido ou na estufa. Em estado líquido, a parafina penetra nos tecidos, dando-lhes, depois de solidificada, certa dureza.

Inclusão - é a passagem da peça que estava na estufa para um recipiente retangular (forma) contendo parafina fundida que, depois de solidificada à temperatura ambiente, dá origem ao chamado “bloco de parafina”. A inclusão pode também ser feita com celoidina, gelatina ou resorcina epóxi, sendo estas últimas usadas para microscopia eletrônica.

Microtomia - é a etapa em que se obtêm delgadas fatias de peças incluídas na parafina, através de um aparelho chamado micrótomo, que possui navalha de aço. A espessura dos cortes geralmente varia de 2 a 5 um (micrômetros). (1 um = 0,001 mm)

Extensão -  os cortes provenientes da microtomia são “enrugados”. Para desfazer estas rugas, são esticados num banho de água e gelatina (opcional) a 50°C, e “pescados” com uma lâmina. Leva-se então, à estufa, para que se dê a colagem do corte à lâmina, pela coagulação da gelatina contida na água quente.

Coloração  -  após  a coloração as lâminas são montadas, ou seja, os fragmentos são protegidos pela cobertura com lamínulas de vidro. Esta é colada na lâmina através de substâncias selantes como, por exemplo, o Entellan. Após a secagem, as lâminas podem ser observadas ao microscópio de luz.